Seit den 1950er Jahren hatten sich Walpertskirchens Siedlungen rund um den Bahnhof entwickelt, und der Bahnanschluss hat zur stetig wachsenden Einwohnerzahl ganz erheblich beigetragen. Dessen ungeachtet beabsichtigte die Bundesbahn Ende der 1980-er Jahre, die Bahnstation zu schließen. Hierzu wurde das Zugangebot systematisch reduziert und unattraktiv gestaltet, was einen zunehmenden Rückgang der Fahrgäste bewirkte. Bitten der Gemeinde, mehr Züge halten zu lassen, lehnte die Bundesbahndirektion München stets kategorisch ab mit der Begründung, es bestehe kein Bedarf und die Streckenbelegung lasse keine weiteren Halte zu. Hierauf gründete sich im Juli 1989 der PRO BAHN Arbeitskreis Walpertskirchen, um den Widerstand gegen die weitere Ausdünnung des Zugangebots und gegen die drohende Schließung der Bahnhaltestelle zu organisieren – mit Erfolg. Konnten zunächst Verbesserungen nur in kleinen Schritten erreicht werden, gelang mit dem ab 15. Dezember 2002 gültigen Jahresfahrplan der Durchbruch. Seither wird der Haltepunkt Walpertskirchen zusätzlich zu den Zügen des Berufsverkehrs im Zweistundentakt an sieben Tagen der Woche bedient, was nicht zuletzt Ergebnis der 13-jährigen harten Kärrnerarbeit des örtlichen PRO BAHN Arbeitskreises ist.

Zunehmend verfielen die Anlagen der Walpertskirchener Bahnhaltestelle, und damit einher gingen Verwahrlosung, Tristesse und mutwillige Beschädigungen, was sehr deutlich am Wartehäuschen zu sehen war. Mitte der 1990er enthielt es nicht einmal mehr einen Aushangfahrplan, weil sich kein Mensch mehr darum kümmerte.

Am 3. Juli 1997 übernahm der PRO BAHN Arbeitskreis für den Haltepunkt Walpertskirchen eine Patenschaft, die vom nunmehr zuständigen Bahnhofsmanagement Rosenheim der DB Station&Service AG hochgeschätzt wird. Ziel dieser Patenschaft ist es, den Fahrgästen vor Ort aktuelle und kundengerechte Informationen zu bieten, die Bahnanlagen in einem ansprechenden Zustand zu erhalten und Verunstaltungen (Schmierereien, Verschmutzungen und wildes Plakatieren) zu unterbinden. Zu den ehrenamtlichen Tätigkeiten im Rahmen dieser Patenschaft gehört auch die gärtnerische Pflege des Bahnhaltepunktes, wodurch das Bahnareal einen attraktiven Anblick bietet. Erheblichen Anteil daran haben sechs Blumenrabatten, stilecht aus alten Eisenbahnschwellen gefertigt, inmitten der Grünanlage neben dem Bahnsteig. Den Großteil der Blumen für die Rabatten stiftet dankenswerterweise jedes Jahr die örtliche Gärtnerei Aust.

Um zu vermeiden, dass künftig Züge mit neun Doppelstockwagen nicht halten können, beschloss der Gemeinderat auf Initiative des PRO BAHN Arbeitskreises am 12. September 2002, den Bahnsteig auf Kosten der Gemeinde auf die erforderliche Länge nach Vorgaben der Bahn um 38 m auf 248 m verlängern zu lassen. Es bestand Übereinstimmung darüber, dass die vorhandene Infrastruktur verbessert werden muss, um das erreichte Zugangebot zu sichern und auch die Voraussetzungen für dessen Ausweitung zu schaffen. Nach vielen Abstimmungen mit den zuständigen Stellen des DB-Konzerns konnten die Bauarbeiten im November 2003 durchgeführt werden. Zugleich wurde ein neuer, geteerter Zugang für Fußgänger angelegt. Mit dem auf eigene Kosten verlängerten Bahnsteig ist die Gemeinde in Vorleistung gegangen, um für die angestrebte Bedienung des Haltepunktes im Stundentakt gerüstet zu sein. Sie erscheint möglich, sobald es die Streckenkapazität nach dem vollständigen zweigleisigen Ausbau des Streckenabschnitts Ampfing – Mühldorf zulässt. Es gilt nun, dieses Ziel in Zusammenarbeit mit dem PRO BAHN Arbeitskreis zu erreichen, zumal das entsprechende Fahrgastpotential seit Jahren vorhanden ist und ständig steigt.

Der langjährige und ungewöhnliche Einsatz der Gemeinde und des PRO BAHN Arbeitskreises für den Bahnhaltepunkt Walpertskirchen wurde am 23. März 2006 mit dem vom Bayerischen Staatsministerium für Wirtschaft, Infrastruktur, Verkehr und Technologie verliehenen Bayerischen Öffentlichen Personennahverkehrspreis gewürdigt. Mit Stolz konnte 1. Bürgermeister Georg Heilmeier die Auszeichnung in der Ludwig-Maximilian-Universität in München aus der Hand des Ministers in Empfang nehmen, der in seiner Laudatio hervorhob, mit dem Preis werde die „umfassende Aufwertung der Bahnstation Walpertskirchen mit einfachen Mitteln und ehrenamtlichem Engagement“ prämiert.

Seit dem 20. September 2014 wird die Bahnstation Walpertskirchen durch ein kleines, aber feines Museum aufgewertet, das sich im Eigentum der Gemeinde befindet. Seine Einrichtungen umfassen eine „königlich bayerische Wärterbude“ aus den 1880-er Jahren. Daneben werden demnächst zwei historische mechanische Eisenbahnsignale aufgestellt. In der Wärterbude kann ihre bis ins Detail stimmige Inneneinrichtung und der Arbeitsplatz des Wärters aus einer längst versunkenen Zeit besichtigt werden – eine kleine Zeitreise, ohne einen Hauch von Digitaltechnik. Diese Wärterbude, die eine der letzten ihrer Art sein dürfte, befand sich bis 1989 am „Posten 10“ in Hörlkofen am Bahnübergang der Staatsstraße nach Hohenlinden. Danach hat sie auf einem Bauernhof in der Gemeinde Pastetten überlebt. Im Juli 2014 wurde sie von dort abtransportiert und anschließend vom PRO BAHN Arbeitskreis Walpertskirchen von Grund auf restauriert.